慶長8年（1603年）長崎・酒屋町にサンチャゴ病院創立。同14年（1609）平戸和蘭商館設立される。将軍家光時代の寛永13年（1636）長崎出島の築造成る。幕府はポルトガル人を出島から追放、同18年（1641）平戸和蘭商館を出島へ移す（鎖国の完成）。蘭館医Jeuriaen
Hasselingh、外科を日本人に教える。長崎の名工・藤原九左衛門らが南蛮紅毛流の外科器械を製作。
慶安2年（1649）蘭館医カスパル・スハンベルゲル渡来、通詞 西玄甫らに紅毛医術を伝授（紅毛流外科興る）。同4年（1651）長崎・万屋町で開業の南蛮医栗崎道喜没（86歳）。承応3年（1654）向井元升「紅毛外科秘要」著わす。明暦2年（1656）Christovao Ferreira（ポルトガル人で拷問の末改宗し帰化、沢野忠安を名乗る）の遺稿を西玄甫が訳し、これを向井元升が著わし「乾坤弁説」と題し万治元年上梓。
寛文元年（1661）平戸藩医嵐山甫安、長崎留学。同2年（1662）天然痘流行（3.28まで死者2318人）。蘭館医アルマンス・カッツ来朝、嵐山甫安直ちに師事し外科を学ぶ。同6年（1666）杉本忠恵を幕医に採用。同10年（1670）西 玄甫、医業を開き西流外科を興す。延宝元年（1673）西玄甫、幕医に召される。
貞享元年（1684）長崎で疫病流行（死者7000余人）。同4年（1687）嵐山甫安、初めて兎唇手術を行なう。元禄元年（1688）蘭館医ホフマン来日、大通詞楢林春斎（鎮山）師事して外科を学ぶ（楢林流開祖）。同3年（1690）蘭館医ケンペル来日。宝永３年（1706）楢林鎮山「紅毛外科宗伝」を著わす。
正徳2年（1712）天然痘流行（翌年３月まで患者3000余人）、ケンペル「廻国奇観（海外奇聞）」を刊行。延享元年（1744）清人・李仁山、長崎にきて人痘種痘法を伝える。宝暦12年（1762）吉雄耕牛、長崎の甚太郎にカテーテルを模造させる。明和元年（1764）五島福江・有川・宇久に疱瘡流行。
明和4年（1775）チュンベリー、出島に上陸。同５年（1776）福江に麻疹流行。天明3年（1783）五島岐宿に疱瘡、寛政元年（1789）五島西島（現若松町）、同5年（1793）福江領内、文化5年（1808）有川江ノ浜にも疱瘡が流行した。
文政6年（1823）蘭館医シーボルト着任し鳴滝塾を開く（1824）。同12年（1829）シーボルト、日本追放令で長崎を去る。
天保10年（1839）蘭館医リシュール、牛痘苗を持参、楢林宗建、実地に試みるも善感せず。弘化2年（1845）福江で初めて種痘実施される。
嘉永元年（1848）蘭館医モーニッケ来日、日本に初めて聴診器を伝え、牛痘苗をもたらし翌年接種に成功。楢林宗建・吉雄圭斎、モーニッケの指導を得て種痘の普及に努力。市川泰朴・賀来佐一郎、島原で初めて種痘を実施。同3年（1850）長崎の木下逸雲・種痘巧者として天草に迎えられ、数千人に種痘を施こす。同5年（1852)〜6年（1853）五島各地に疱瘡、コレラ（とんころりんと称す）蔓延した。
安政4年（1857）オランダ海軍軍医ポンペ、第2次海軍伝習所医官として出島に上陸。長崎奉行所西役所で医学を開講、その後、大村町医学伝習所へ移り講義を続行。同5年（1858）長崎にコレラ大流行、忽ち県内から全国へ広がる。同6年（1859）ポンペ、長崎西坂刑場で死刑囚の死体解剖実習を行なう（受講者46人・シーボルトの娘イネもいた）。
万延元年（1860）長崎稲佐の遊女の検梅始まる（日本初の検梅）。
文久元年（1860）小嶋郷佐古の地に長崎養生所・医学所完成。同２年（1862）ポンペ帰国しボードウインと交代（長与専斎ら約100人が就学中）。同3年（1863）コレラ流行。
慶応元年（1865）養生所を「精得館」に改む。同2年（1866）ボードウィンに代ってマンスフェルト着任。同4年（1868）吉雄圭斎、精得館学頭医師に撰ばれる。
長崎開港に先立ち本県に初めて西洋医術を伝えたのは、宣教師・医療伝導師のルイス・アルメイダであり、外科的技術は特に優れていたという。来日したアルメイダは豊後（現大分県）の府内（現大分市）で日本初のヨーロッパ式医学教育を行なった後、本県平戸へ入り度島、生月島、大村、有馬、島原、口之津、福田浦など巡回し布教と医療に従事。永禄9年（1566）冬の五島灘を渡り、五島藩主五島純定や島民の病気を治療、それまで祈梼などにばかり頼っていた島民から感謝される。同10年（1567）長崎浦を訪れ長崎甚左衛門純景の館の近くに布教所（現春徳寺）を設け、布教と医療を行った。
